Mit der Wende wurde die kommunale Selbstverwaltung der Städte und Gemeinden wieder ermöglicht. Damit konnten Gemeindevertretungen bzw. Ortschaftsräte gewählt werden, die selbstständig kommunale Aufgaben festlegen und durchführen konnten. Bis 1994 wurde die Verwaltung mit dem vorhandenen Personal in Bräunsdorf abgesichert. Doch mit einer neuen Gesetzesflut, der Zunahme der Aufgaben und den nicht vorhandenen Mitteln stieß man an die Grenze der Selbstverwaltung. Der Gemeinderat beschloss daher, eine Verwaltungsgemeinschaft mit der Stadt Limbach-Oberfrohna.

Mit der Kreisreform 1993 (Verringerung von 23 auf 10 Landkreise in Sachsen) kam auch der Beschluss der Landesregierung, dass selbstständige Gemeinden mindestens eine Größe von über 5000 Einwohnern haben müssen. Es wurde eine Einheitsgemeinde mit Niederfrohna, Mühlau und Chursdorf angeregt. Mit Bildung der neuen Kreisgrenzen, wobei Mühlau und Chursdorf zum Kreis Mittelsachsen zugeschlagen wurden, war ein Zusammenschluss nicht mehr möglich.

Es folgten Verhandlungen mit der Stadt Limbach-Oberfrohna zur freiwilligen Eingemeindung. Der Widerstand im Ort war zunächst groß, aber letztendlich gab es keine andere Lösung. Der Eingliederungsvertrag nach der Gemeindeordnung des Freistaates Sachsen zwischen der Großen Kreisstadt Limbach-Oberfrohna, vertreten durch Dr. Rickauer und der Gemeinde Bräunsdorf, vertreten durch Bürgermeister Reinsberg wurde am 10.Juli 1998 unterzeichnet. Darin ist u. a. festgeschrieben, dass der Name als Ortsteil Bräunsdorf erhalten bleibt.

Limbach-O. tritt die Rechtsnachfolge an. Das bedeutet, alle vertraglichen Vereinbarungen gehen an die Stadt über. Satzungen von der Gemeinde beschlossen, wie die Gestaltungssatzung und die Satzung über geschützte Landschaftsteile bleiben erhalten. Die bisherigen Bediensteten werden von der Stadt übernommen. Der Ortsteil wird von einem Ortsvorsteher geleitet. Alle Investitionsvorhaben werden weitergeführt. Kindertagesstätte und Hort bleiben erhalten. 1998 legte der Freistaat mit dem Eingliederungsgesetz die rechtliche Grundlage für die „Zwangseingemeindung“ weiterer kleiner Gemeinden in die Städte. Damit wurden die Orte Kändler, Pleißa und Wolkenburg-Kaufungen der Stadt Limbach-Oberfrohna eingemeindet.